Pegatzky ist seit mehr als 15 Jahren Rechtsanwalt. Bis Ende 2014 war er als Counsel bei Freshfields Bruckhaus Deringer in Frankfurt und London tätig. Sein Beratungsschwerpunkt lag dort in der Beratung der öffentlichen Hand einschließlich der Finanzierung und Privatisierung öffentlicher Infrastrukturen. So beriet er unter Freshfields-Flagge 2013 eine Gruppe von Banken in öffentlich-rechtlichen Fragen, die den Börsengang der Deutschen Annington begleiteten.
Zugleich übernahm Pegatzky zum Jahreswechsel die neu geschaffene Professur für Öffentliches Wirtschaftsrecht, Regulierungs- und Europarecht an der German Graduate School of Management and Law (GGS) in Heilbronn. Die juristische Fakultät der GGS umfasst nun fünf Professuren, die neben dem Unternehmens-, Finanz- und Arbeitsrecht auch das Marken- und das Öffentliche Wirtschaftsrecht abdecken.
Sowohl bei Greenfort, die vor zehn Jahren als Spin-off von Freshfields gegründet worden war, als auch an der GGS trifft Pegatzky auf ehemalige Kollegen. An der Hochschule ist zum Beispiel Prof. Dr. Martin Schulz tätig, der seit 2009 seine Zeit zwischen Freshfields und der GGS aufteilt. Auch der GGS-Zivilrechtsprofessor Dr. Daniel Benkert und Finanzexperte Prof. Dr. Benjamin von Bodungen waren lange Jahre Anwälte bei Freshfields in Frankfurt.