Knotzer begann seine Karriere 1988 in der Rechtsabteilung der Investkredit, heute Teil der Österreichischen Volksbanken-Aktiengesellschaft. 1990 wechselte er dann in die Investmentbankabteilung der Österreichischen Sparkassen AG, die seit 1997 Teil der Erste Bank ist.
Seit 17 Jahren ist er in verschiedenen Managementpositionen als Banker in Tschechien tätig, zuerst im Firmenkundengeschäft in der Creditanstalt, dann in der Erste Bank sowie nach deren Privatisierung in der Česká spořitelna. 2004 wurde er dort Mitglied des Vorstandes. Er verantwortete zuerst das Firmenkundengeschäft und ab 2007 das Risikomanagement.
Die Erste Group Immorent ist als Spezialist der österreichischen Bankengruppe Erste Group für Immobilien- und Infrastrukturfinanzierung sowie Projektentwicklung zuständig.